重金属等（第二種特定有害物質）を含む汚染土壌の措置対策は、含有量と溶出量にもとづいて適切な工法を組み合わせることがコスト効果にとって最も重要です。

わが国には自然濃集した重金属を含む地質が各地の山地に分布するため、浸食・運搬された砕屑物が下流域の河川沿いや平野に堆積して、都市部地下における自然的原因の重金属汚染土壌となります。鉱山開発は下流域の農用地に住民の健康被害を含む甚大な重金属汚染をもたらし、「農用地の土壌の汚染防止等に関する法律（1970年）」の制定につながりました。
金属鉱石は1960年代以降の高度成長期に工業原料として工業地帯に運ばれ、精錬滓などの廃棄物が近年になり都市圏における二次的な重金属汚染となって顕在化しました。業種別では金属製品製造・化学工業などの工場や跡地で重金属汚染例がとくに多く出現しています（環境資料・データ参照）。さらに工業製品となって利用された重金属は、消費廃棄によって廃棄物処分場周辺において三次的な重金属汚染の要因となっています。
このように重金属汚染は資源循環サイクルの中の一現象であるため、第一種特定有害物質（揮発性有機化合物）や第三種特定有害物質（農薬等）と異なり、重金属汚染土壌は都市部ばかりでなく広く地方にも出現するのが特徴です。ダムやトンネル・道路・橋など各地の公共建設事業に伴って、重金属汚染土壌が発生する例が増加しているのもこのためです。